Estoński CIT miał uprościć rozliczenia i pozwolić spółkom odroczyć opodatkowanie do momentu wypłaty zysków. W praktyce jednak nawet drobne uchybienia formalne przy wyborze tego systemu mogą prowadzić do bardzo poważnych konsekwencji podatkowych. Jednym z najbardziej problematycznych obszarów pozostają śródroczne sprawozdania finansowe sporządzane przy przejściu na estoński CIT w trakcie roku podatkowego. Najnowsze wyroki WSA w Krakowie pokazują jednak, że spóźniony podpis lub uchybienia dotyczące formy sprawozdania nie muszą automatycznie przekreślać prawa do ryczałtu. Dla wielu spółek może to oznaczać szansę na obronę dotychczasowych rozliczeń.
Jeden dokument może przesądzić o skuteczności wyboru ryczałtu
Zgodnie z art. 28j ust. 5 ustawy o CIT spółka może wybrać estoński CIT również w trakcie roku podatkowego. Musi jednak na ostatni dzień miesiąca poprzedzającego rozpoczęcie opodatkowania ryczałtem zamknąć księgi rachunkowe i sporządzić sprawozdanie finansowe zgodnie z przepisami o rachunkowości. W praktyce oznacza to konieczność przygotowania dodatkowego sprawozdania śródrocznego, co do zasady w terminie trzech miesięcy od dnia bilansowego.
Dotychczas organy podatkowe prezentowały bardzo rygorystyczne stanowisko. Ich zdaniem sprawozdanie powinno zostać nie tylko sporządzone, ale również prawidłowo podpisane w wymaganym terminie. Opóźnienie choćby jednego podpisu mogło więc oznaczać, że wybór estońskiego CIT był od początku nieskuteczny. Takie podejście znajdowało potwierdzenie również w części orzecznictwa, w tym w wyroku NSA z 4 marca 2026 r. (sygn. II FSK 1258/25), dotyczącym nieterminowego sporządzenia sprawozdania.
Sądy zaczynają kwestionować nadmierny formalizm
Istotną zmianę przyniósł wyrok WSA w Krakowie z 28 kwietnia 2026 r. (sygn. I SA/Kr 179/26). Sąd uznał, że sporządzenie sprawozdania finansowego oraz jego podpisanie stanowią dwie odrębne czynności. Jeżeli sprawozdanie zostało rzeczywiście sporządzone w terminie, późniejsze złożenie podpisów nie musi oznaczać nieskutecznego wyboru estońskiego CIT. Co istotne, podobny kierunek przyjął ten sam sąd w kolejnym wyroku z 4 sierpnia 2026 r. (sygn. I SA/Kr 386/26).
Tym razem spór dotyczył sprawozdania przygotowanego bez wymaganej struktury XML, które zostało podpisane własnoręcznie zamiast elektronicznie. WSA uchylił niekorzystną interpretację, wskazując na znaczenie rzeczywistego sporządzenia dokumentu i ustalenia wyniku finansowego, a nie wyłącznie jego technicznej formy. Oba rozstrzygnięcia WSA są nieprawomocne. Nie oznaczają więc definitywnego zakończenia sporów, ale dostarczają podatnikom istotnych argumentów w postępowaniach z organami podatkowymi.
Ile może kosztować zakwestionowanie wyboru estońskiego CIT?
Skala ryzyka jest znacznie większa niż samo uchybienie formalne. Jeżeli organ uzna, że spółka nieskutecznie wybrała estoński CIT, może zakwestionować wszystkie rozliczenia prowadzone w tym systemie od początku jego stosowania. W konsekwencji spółka może być zobowiązana do rozliczenia dochodów według zasad klasycznego CIT, skorygowania wcześniejszych zeznań i zapłaty zaległego podatku wraz z odsetkami. Przykładowo, przy dochodzie podatkowym wynoszącym 2 mln zł i zastosowaniu stawki 19%, klasyczny CIT wyniósłby 380 tys. zł, nawet jeżeli zysk pozostał w spółce. Ostateczna kwota zależałaby oczywiście od indywidualnej sytuacji podatnika.
Oznacza to, że jeden nieprawidłowo przygotowany lub podpisany dokument może prowadzić do zakwestionowania rozliczeń podatkowych z kilku lat.
Pojawia się również szansa na naprawienie wcześniejszych błędów
Problem został dostrzeżony także przez ustawodawcę. 22 października 2026 r. Sejm uchwalił nowelizację przewidującą szczególne rozwiązanie dla spółek, które wybrały estoński CIT w trakcie roku i nie dopełniły obowiązków dotyczących sprawozdania finansowego. Zgodnie z uchwalonym przez Sejm brzmieniem przepisów, podatnicy będą mogli spełnić wymagany warunek poprzez sporządzenie prawidłowego sprawozdania i przekazanie go elektronicznie Szefowi KAS do 31 stycznia 2027 r. Rozwiązanie może umożliwić również korektę wcześniejszych rozliczeń, a w określonych przypadkach odzyskanie zapłaconego podatku. Trzeba jednak podkreślić, że ustawa znajduje się nadal w procesie legislacyjnym. Na dziś nie są to jeszcze obowiązujące przepisy, a ich ostateczny kształt może ulec zmianie.
Warto zweryfikować rozliczenia, zanim zrobi to organ
Najnowsze orzecznictwo i planowane zmiany pokazują, że spółki nie powinny automatycznie rezygnować z estońskiego CIT tylko dlatego, że w dokumentacji pojawiły się uchybienia formalne. Już dziś warto ustalić, kiedy faktycznie sporządzono sprawozdanie finansowe, w jakiej formie zostało przygotowane, kiedy złożono poszczególne podpisy oraz czy prawidłowo zamknięto księgi rachunkowe i złożono zawiadomienie ZAW-RD. Szczególnego znaczenia nabiera również dokumentacja potwierdzająca rzeczywistą datę sporządzenia sprawozdania.
Jeżeli Twoja spółka wybrała estoński CIT w trakcie roku podatkowego, chętnie pomożemy zabezpieczyć Twoje rozliczenia. Przeanalizujemy dokumentację, zweryfikujemy skuteczność wyboru ryczałtu oraz ocenimy możliwości ograniczenia ryzyka podatkowego, również w świetle najnowszych wyroków i planowanych zmian przepisów. Lepiej sprawdzić prawidłowość rozliczeń już dziś, niż po kilku latach dowiedzieć się, że jeden spóźniony podpis może kosztować spółkę setki tysięcy złotych.
